第1关

从木叶村出发，来到大地图画面。（在木叶村玩家可以购买忍具和提升人物能力，还可以存档。如果玩家在战斗中受伤回到木叶村后能将体力和查克拉全部回复。）之后前往如月の村。（注意在途中有很高的几率会碰到杂兵战，这也属于强制战斗。）进去后就会遇到杂兵战，消灭杂兵后用鸣人的影分身术调查周围，（场景中的部分物体破坏后会掉出查克拉玉）之后按方块键爬上屋顶。把屋顶上的水桶破坏掉即可灭火。从水桶附近跳下去，再次消灭挡路的杂兵，用影分身调查周围后，爬上屋顶打水桶。最后消灭一批杂兵即可过关。按原路返回火影室进入第2话。

通过第1话后追加人物小樱、任务模式和挑战模式。（和前作《漩涡忍传》不同的是，本作中的剧情模式和任务模式是分开的，任务模式可以用来赚钱，但并不影响剧情模式的流程。）

第2关

来到地图上方的罗汉湖，在船上会遇到一场持久战，需小心应付。推荐使用宁次的忍术回天，攻击范围大。在战斗中期岸上会有杂兵使用飞行道具攻击，玩家可以利用船仓的部分做掩护。注意最好不要挨着船边部分战斗，否则德玉和查克拉玉容易掉到水里泡汤…………   如果查克拉不够，可以切换人物让其它同伴的查克拉逐渐回复。当战斗到一定时间后会出现BOSS盗贼头！虽然BOSS战有时间限制，但一般不会超时。这个BOSS手持长刀，被砍到的话会很痛。在BOSS战时也会有杂兵干扰，因此玩家最好在船尾处进行战斗。推荐使用鸣人的忍术螺旋丸，伤害可观。如果之前有用德玉提升人物能力会比较轻松。

第3关

前往南の森，开始就是和勘九郎的BOSS战。勘九郎的八方手里剑和炸弹等远程攻击非常讨厌。玩家可以利用鸣人的影分身术+连续技打一轮躲一轮。勘九郎被打到一定程度后会处于气绝状态，这时可以上去补一套连续技，注意不要贪多。人偶同样可以有受攻击的判定，这一点可以好好利用。勘九郎收招有一定硬直，玩家可以趁机进攻。勘九郎的体力变成红色后会频繁的使用瞬间移动，此时可以利用鹿丸的无限爆破手里剑和影拟人之术应付。

打完BOSS还有一场杂兵战，如果之前战斗的人物受伤严重就用勘九郎来应付吧。这场杂兵战的兵力非常集中，玩家要先利用跳跃闪开再来开距离反击。全灭杂兵后本关完成。过关后入手人物奈良鹿丸，追加新任务。

第4关

前往かラクり磐，会遇到一批杂兵，利用鹿丸的无限爆破手里剑就能轻松解决。前进一段后再次消灭掉一批杂兵和拿刀的杂兵头，这里的杂兵比较强力，可以多利用瞬间按X的替身术躲避敌人的攻击。

来到下一个场景后先去左边调查，提示：把时钟调整为6点就能进入。然后把右边的栅栏破坏来到时钟顶部。用普通攻击敲打时钟下面的按钮，把时间调整为6点就能开启左边的大门。（时钟下面暂时还进不去）进入左边的大门，消灭杂兵后来到二层。发现二层的门又进不去，再次来到时钟顶部，把时间调整为8点开启二层的门。来到二层内部，按照图中的位置踩中机关就能进入时钟下面了（如果踩到其它的会损失体力）。记得进入时钟内部后先去右边的记录点存档。

进入钟楼内部，这里地形复杂。玩家需要从这些齿轮跳到上面，然后进入最上层的房间。进入蓝色钟楼，地形和之前差不多。只是部分齿轮会转动，跳跃的难度更大。而且在“独木桥”处有机关，需要有耐心。进入箭头提示的入口来到绿色钟楼，这里只要按照箭头提示来就行了。进入下一个场景，往下走一段会看到记录点。存档后进入人偶杂兵战。

（在图中的这个位置最好轻推左摇杆来走动，以免不慎落下……）

接下来需要消灭35个人偶。这些人偶可不是等闲之辈，“偶”多示众不说，动作还特别灵活。尤其是“手刀大转轮”的攻击范围很大！而且敌人的攻击频率相当高！如果有回复道具就用掉吧。全灭人偶后过关。

第5关

向宝山寺出发，在山路上会遇到不少人偶杂兵。不用理会，按照箭头的提示前进即可。走过了漫长的山路，鸣人他们遇到了同伴小李。继续前进，在木楼梯上的记录点存档。按照箭头的指示，连续跳过几个悬崖后进入一间红色的屋子。（这里的两个高级人偶强悍无比，攻击力超高，而且会使用远程攻击——“离子炮”。还是闪人进屋为上策）

进入屋内，又是一群低级人偶在那儿晃悠 。不过现在有小李帮忙，对付起来非常轻松。多用忍术木叶大旋风，2下就能解决一个。调查右上角的地板进入下层，就会看到盗贼正在被人偶给追杀……     没办法，谁叫我们的木叶忍者是好人呢？此时玩家的任务是要击退人偶来营救盗贼（汗…… ）。杀死几个人偶之后发生剧情，盗贼被玩家的超强实力所吓跑了。解决掉剩下人偶，接着调查墙壁上带有“开”的字画就能打开地板的隐藏入口和楼梯上的大铁门。

进入地下二层，发生剧情。玩家必须在限制时间内逃脱，否则就会直接GAMEOVER。面前的杂兵不要理会，一路要按照箭头所指的方向走即可。注意在有的地方需要对着墙壁按X使用三角跳才能上去。以下是需要使用三角跳的几个地方：

先对着右边的墙壁起跳来增加跳跃力，之后配合左摇杆连续按X键。成功逃脱后过关。

第6关

先去砂隐れの里，发生剧情后返回木叶村。木叶村也遭到了袭击，玩家当然要保护木叶村啦。消灭掉眼前的人偶，按照箭头指示跳上屋顶。前进一段会发生剧情，剧情过后同伴切换为丁次。一路沿着箭头提示的方向前进，最后从房顶跳下后进入BOSS战。

BOSS：蜥蜴

一开始BOSS会用180度的喷火攻击，威力巨大且有多段判定，但利用替身术闪开并移动到他尾部就能反击了。在近距离BOSS会使用撕咬攻击，连续两次。BOSS在移动时没有攻击判定，可以放心攻击。普通攻击对BOSS的伤害极小，推荐使用鸣人的忍术螺旋丸。如果之前在商店里购买了“真.螺旋丸”的技能，可以将螺旋丸的威力提升到最大。查克拉不够就用回复道具补充或切换同伴来回复。打败BOSS后本关完成。

第9关

来到砂の城磐后沿着箭头前往城内，在城内的记录点存档后进入连续的强制战斗，每一段都需要消灭敌人后才能继续前进。这里出现的是一大批暴走型人偶，皮糙肉厚，喜欢带着火到处乱撞。最好先拉开距离再使用忍术，否则容易被敌人的攻击所中断。看到人偶身上发红就表示它要使用冲撞攻击，要做好准备闪避。全灭敌人后发生剧情，整座城已经开始燃烧！在燃烧的城内同样有很多人偶杂兵干扰，幸好不是强制战斗。注意城内的火焰对敌我双方都有攻击判定，小心不要碰到。走到楼梯处就能往上一层。来到第3层时会出现箭头指示，这里有两处要利用三角跳跳上箱子越过火焰，多试几次就能跳过。到第4层的记录点存档进入BOSS战。

BOSS：小樱

小樱使用手里剑和飞踢的频率很高，只要绕圈跑就能躲避。飞踢落地后有硬直，可抓住机会用忍术攻击。当然小樱也会使用忍术，所以不要离她太近。当小樱的体力损伤到一定程度时，手里剑会变为爆破手里剑，使用忍术的频率也开始增加。当小樱全身发光开始念咒就表示她要用回复体力了，此时要立刻攻击阻止。打败小樱接着又是一场BOSS战

BOSS：黄蜂X3

BOSS的攻击方式和第7关相同，另外两只黄蜂分别在BOSS体力为黄色和红色时出现。（反正那两只黄蜂是必出现的！）我爱罗的忍术砂阵壁对BOSS有特效，不妨多用。

打完两场BOSS战后还没完呢！这座城已经开始崩坏了，又要在限制时间内逃脱（为什么要说又- -）。无视杂兵直接向楼梯口冲吧！

注意最后的场景，这里大部分区域被火焰所覆盖着！必须利用螺旋丸或普通攻击把柱子打断作为桥梁才能继续前进（画面提示：利用柱子,一边避开火焰一边前进就是这个意思）。顺利逃脱后过关！